После подписания Брестской унии, во время гонения униатов, которые разграбили Новодворский монастырь, святая икона была перенесена неким иеромонахом Иаковом в Черниговский Елецкий Свято-Успенский монастырь.

Затем Черниговский Преосвященный Антоний (Стаховский) благословил этой иконой Симеона, строителя Суражской обители (упразднен в 1766 году). 14 августа 1677 года, во время перенесения крестным ходом из старой церкви в новую, святой образ Божией Матери явил чудесные знамения. Святитель Димитрий Ростовский, прибывший в это время на поклонение чудотворной иконе, был свидетелем тому, что епископ Целерский Никодим после Литургии 16 августа оглашал перед собравшимися верующими эти чудеса.

Впоследствии чудотворный Новодворский образ Пресвятой Богородицы пребывал в Новгород-Северском Спасо-Преображенском монастыре, который был закрыт в конце 50-х годов XX столетия. Сам первообраз святой иконы в годы лихолетия был утерян.

Одним из иноков упраздненного монастыря список с чудотворного образа был перенесен в г. Нежин, а в 1997 году он был передан в местную Крестовоздвиженскую церковь. В 2000 году Новодворская икона Божией Матери была помещена в киот, каждое воскресенье перед чудотворным образом служится акафист Покрову Пресвятой Богородицы.

Другие списки с чудотворной Новодворской иконы Божией Матери находились в Каменском Успенском женском монастыре Новозыбковского уезда Черниговской губернии и в Киевском Златоверхом Михайловском монастыре.

В 2004 году во время посещения Спасо-Преображенского Новгород-Северского монастыря президентами России, Украины и Беларуси, список с чудотворной иконы, написанный в XVIII в., был передан в дар обители.

Новодворская икона Пресвятой Богородицы представляет собой поясное изображение Богоматери с Божественным Младенцем на Ее левой руке, главы Которых украшены венцами.